如今秦国横扫五国，只剩南方强楚。
休养生息一年之后，嬴政以白起为先锋攻楚，王翦率主力在其后见机行事。起初，白起连克颍川、淮阳，直逼汝水。楚军似乎毫无战意，连丢数城。白起不等王翦援军赶到，渡过汝水东进，孤军挥师棠溪。楚将项燕突然调转方向，兼程急进，兵分两路合围棠溪。白起孤立无援，作困兽之斗。项燕乘胜追击，斩杀秦将七人，夺回棠溪。白起率亲兵数人，逃亡丛林。
白起被困，王翦也不敢贸然出兵。嬴政问吕不韦有何计策，吕不韦说：“楚人骁勇，项氏世代为将，如今又得列国能人异士相助，灭楚并不简单。”嬴政顺势说：“如此看来，只能暂时搁置一统，再寻良机。”吕不韦有些意外，自嬴政立下帝志，从不轻言放弃。嬴政自然不会就此止步，他不过是在试探吕不韦，他觉得吕不韦似乎比自己更急于一统。果然，吕不韦稍加思索，说道：“上古有兵主蚩尤，曾受卢山之金，作五兵之器。五兵虽然失传，却有兵信神符遗世。若能得此神符，定能战无不克。”嬴政急忙问道：“神符何在？吕相无论如何要替孤找到。”吕不韦说：“远在卢山，臣愿往寻之。”嬴政大喜道：“孤在此静候卿之佳音。”
吕不韦离去不久，嬴政去相府拜会扁鹊。院中种着无数奇花异卉，扁鹊指着花卉道：“左侧是毒，右侧为药，只是毒与药，不如左与右那么分明。”嬴政问：“是药厉害，还是毒厉害？”扁鹊认真地说：“道高一尺，魔高一丈，世间常有无药可解之毒。”嬴政看着他问：“连先生也无可奈何？”扁鹊笑着说：“臣乃凡人，终有所不能。”嬴政若有所得，扁鹊接着说：“世间虽有无解之毒，不治之症，但臣却有起死回生之术，此逆天之术，必能助主公一统九州。”嬴政立即问他，如何能起死回生，扁鹊遂向嬴政说起了自己的往事。
秦缓，字越人，宋国人。
秦越人祖父本为前朝名将，自他逝世，便家道中落。幼年丧父，由寡母独自带大。生性贪玩，不习上进，年过十八，仍游荡无度。
深夜，母亲感染风寒。她躺在病榻悲叹道：“风寒难医，恐怕我不久于人世，只是你年余十八，仍不学无术，叫我死后如何面对亡夫？”越人不禁鼻头一酸，深感自责。其实风寒极为常见，也容易医治，母亲如此说，只是希望越人能就此醒悟。
越人知道自己即将弱冠之年，当有一技之长，又想到母亲患病，便决定前往赵国学医。第二日，他将母亲托付给了舅家，便独自上路。他本想待母亲痊愈再走，但母亲怕他过了几日便忘了今日决心，便催他尽早启程。
越人听闻，在邯郸最负盛名的医者是御医李熙。但到了邯郸，他才知李熙已被赵王赶出王宫，不知所踪。而其他各个名医，或者嫌他年长，或者嫌他丝毫不懂医理，都不愿收他为徒。为了维持生计，便在平原君赵胜于城南设立的客馆做舍长。赵胜设此客馆，主要供门客居住，也收留途径此地的路人。客馆中有一个人并非门客，却常常来此闲居，那人一副好逸恶劳的模样，却有个士人的名字叫长桑君。但越人作为舍长，并不嫌他，对所有客人都一视同仁。
越人渐渐发现，他来此并非为了食宿，而是为了窥看客馆对面别苑中的女子。那别苑是赵胜为会见门客所建，而那女子正是赵胜的小妾。一日，长桑君正坐在院中望着对面，过了片刻，那女子端着木盆走出房门，躬身将盆中污水从二楼倒下。越人见长桑君看得痴了，便走到他身后，也望着对面。长桑君察觉到身后有人，立刻回头，见是越人，便说：“舍长有何指教？”越人盯着别苑，并不看长桑君，淡定地说：“指教倒是不敢，只是不知这洗脚水何以让君如此着迷。”长桑君为人格外不羁，见越人如此调侃，便说：“舍长你只看到洗脚水，而我却看到了一位如花美眷。”越人一笑，说道：“她叫惜月。”长桑君好奇地问：“你来此不过两月，如何知道？”越人说：“这客馆门客甚众，自然有人知道，是以我会知道。”长桑君突然叹一口气，说：“她来这别苑已有一年，我今天才知道她的芳名。”越人不解，看着长桑君，长桑君用自嘲的口吻说：“这客馆之中的门客，自视甚高，个个都不愿与我交谈。”越人笑着说：“也不尽然。”长桑君似乎不信，问道：“那还有谁？”越人看着长桑君，认真道：“我。”长桑君看着越人，会心一笑。
此时，客馆中一位门客腹泻不止，喝了熬制的党参汤，已过多日仍不见好。这日，那门客的同伴又在他熬药。长桑君走过去，揭开盖子，那同伴立刻抬头呵斥，长桑君连忙赔礼，走了出去。到了下午，那门客腹泻果然好转。越人找到长桑君，说：“你懂医术？”长桑君不解，问道：“怎么说？”越人说：“上午我见你往药罐放了什么，下午那门客的腹泻便大为好转。”长桑君轻松一笑，说：“不过加了些车前草。”越人说：“那可是名医开的药方。”长桑君不以为意，说：“党参的确能医腹泻，但党参属阳，而那门客体质同样属阳，药效自然不佳，我加车前草，不过是调和了阴阳。”越人若有所悟，说：“那名医不曾见过门客，是以不知该以车前草为辅药。”长桑君嘲讽道：“他们贵为名医，怎会为区区腹泻屈尊来此。”越人笑着说：“如此说来，你比那些名医更高一筹。”长桑君也是一笑，说：“我不过懂些皮毛。”
又一日，长桑君去到客馆，不见越人，便问仆役。仆役说：“舍长去王大夫府上拜师去了。”长桑君问：“拜师？为何拜师？”仆役说：“舍长来赵是为了学医，因被多次拒绝，才久居客馆。”原来城中以大夫王奔医术最为知名，越人虽被多次拒绝，却不甘就此放弃，想以真诚打动王奔。下午，长桑君见越人一脸郁色归来，知他拜师不利，便说：“你既想学医，为何不让我知晓？”越人说：“我知道你也懂医，但我与你相交，并非为了你的医术。”越人自从知道长桑君也懂医术之后，便没有将自己来赵的目的告诉他，他不想以二人的友谊裹挟长桑君。长桑君与越人相交之后，心性大为转变，不再似从前那般孤高冷漠，但却不曾关注过越人内心，自觉有愧于他，便正色道：“你若不嫌弃，我愿倾囊相授。”越人大喜过望，随后冷静下来，问道：“你与王奔，谁技高一筹？”长桑君一脸不屑，说：“我若是对面的惜月，那他王奔便是那盆洗脚水。”越人哈哈一笑，长桑君随之也笑出了声。
不日，越人随长桑君去了医馆。只见大门仅剩左侧一扇仍在，药橱的屉子或开或闭，还布有一些蛛网。堂内到处堆放着杂物，几乎没有下脚之处，仿佛许久无人居住。虽如此，长桑君却对医术格外严格，识病证之根源，究阴阳之传变，一一悉心传授。他常常带越人去山间识药，也会去坊间替人问诊。越人天资聪颖，总能领悟长桑君所言，除了在客馆忙碌，他总是呆在医馆研习医术。此时越人也开始为客管的门客诊疗，渐渐在城南小有名气。
如此焚膏继晷，不觉间三年已过。
一日，越人对长桑君说：“离乡多年，我早该回家看望母亲了。”长桑君略一思索，说：“也好，是时候离开了。”越人急忙说：“我只是暂时回乡，并非一去不回。”长桑君说：“你天资过人，已尽得我真传，留在此处也不可能再有精进。”越人仍是不舍，长桑君正色道：“你学医，定是不愿一生待在客馆，如今既然艺成，何不就此回乡？”长桑君说得决绝，越人也不再强求。
回乡前，医馆来了一位病人，长桑君笑着对越人说：“还有人记得这里有一间医馆？”病人是一个中年妇女，她两足发冷，双臂绵软，似乎命不久矣。长桑君望色听音，一番思索后，决定让越人替她治疗。
病情极为罕见，越人依阴阳之数推断过诸多可能，却难以找到完全符合症状的病因。他尝试过许多药性相符的药材，但无一不存在缺陷。一时之间，越人不知该如何处理，只好求教长桑君。长桑君去到房内，取出一本经书，乃是《灵枢》。长桑君说：“我毕生所学，全在《灵枢》。”说罢，将《灵枢》给了越人。《灵枢》乃是与《素问》齐名的上古医典，相传为黄帝所著，是医者心中的无上经典。
越人在《灵枢》中果然发现了相应的记载，依书中所言，此病为不治之症。他终于松了口气，起初他尚且怀疑过自己学艺不精，但既然是不治之症，想必世间无人能医。那时他正收拾行囊，也无暇顾及太多，便开了一些调养的药，打发妇人回家了。
第三日清晨，越人背上行囊正欲回乡，长桑君突然出现。他有些好奇，长桑君本不打算为他送行。长桑君说：“前天那个妇人，今早在家中去世了。”越人不以为意，说：“恕我直言，依《灵枢》记载，此病无药可医，可以说她必死无疑。”长桑君脸色有些阴沉，看了越人一眼，又低头看着地上，说：“我只是想让你知道，她是四个孩子的母亲。”越人看着长桑君离开的背影，心中忽然有些莫名的触动，不由得缓缓放下了行囊。
下午，越人决定去妇人家中祭拜。她家在镇上的僻静之处，两扇陈旧的大门敞开着，院内早已升起了招魂幡。她的遗体摆放在大堂左侧，盖着破旧的白色殓布，整理了遗容，却依然无法掩盖脸上的病态。早已出嫁的大女儿与妹妹眼角挂着泪滴，正在堂内忙着准备后事，两个尚幼的弟弟跪着母亲身旁，说着听不懂的话语，似乎正等着母亲醒来。越人介绍了自己，姐妹俩连忙跪了下来，说她们知道母亲无药可医，别家医馆怕坏了名声都不肯收留，只有他对一个将死之人仍悉心治疗。越人羞愧难当，那时他才明白，他所面对的每一个病人，都可能是其他人的整个世界，而他却从没有如此认真对待过。
妇人的头七之后，越人终于要离开了。临行前，长桑君到客馆为他送行，长桑君说，他的妹妹因风寒不治身亡，为她开药的正是御医李熙。越人诧异地问：“风寒如何会致死？”长桑君说：“风寒的确于人无大碍，甚至可以自愈。但她还患有喘症，我学医以前以为只是平常的咳嗽。她服药后病情加重，但李熙无论如何不肯去贫民区问诊，只是坚称药没有问题。”长桑君接着说：“我学医并非为了名利，我只是要在赵王面前羞辱李熙，我要让他再没有脸面称自己为名医。”说到此处，对面惜月又将一盆洗脚水从二楼倒了下来。长桑君看着越人说：“我曾说，我与王奔就好比惜月和她的洗脚水，我说的并非医术，而是仁心，王奔绝不会来这穷僻之地，更不会去死者家中祭奠。”越人有些惭愧，他本以为医术已不在长桑君之下，如今才知相差甚远。
“上医医心，下医医身”，这是长桑君给越人的最后一课。
回乡后，越人在坊间乡里、诸侯各国布医施药，心肝脾肺肾骨，无所不医。四年后，越人有了另外一个名字——扁鹊，那是炎黄时期神医的名字，现在，它属于越人。
仲秋，母亲终于积劳成疾。扁鹊诊断出母亲身染肺痨，只有三月可活。他责怪自己只顾在外行医，连母亲的病征都不曾察觉。腑病易治，脏病难医，肺痨本是绝症，但扁鹊尽得《灵枢》之精要，肺痨自然难不倒他，只是炼药尚需两月。
六十四天后，他得以炼药成功。此时，家中正好来了一位病人，扁鹊诊脉之后，才发现他同样感染了肺痨，只是已患病两月，炼药根本来不及。一番思索之后，扁鹊决定先开一些调养用药，让他多活几日，也算尽医者之仁心。他将此事告知了母亲，母亲说：“药不是早已炼成了吗？”他低头说道：“的确已有成药，但那是为母亲准备的。”母亲说：“若是病人不治身亡，岂不坏了你扁鹊公的名誉。”他叹了口气，说：“他已病入膏肓，扁鹊也无能为力。”
晚上，扁鹊正欲为母亲煎药，才惊觉那个病人错拿了母亲的药，而自己手中，是原本给他准备的药。他慌了神，立刻冲出家门，哪里还有病人的身影！他看着卧榻上的母亲，眼泪终于落了下来。母亲勉力笑着对他说：“如今你已是众人敬仰的扁鹊公了，可不能轻易落泪。”他哭着说：“只剩一月，恐怕回天乏术。”母亲坦然地说：“能做扁鹊公的母亲，虽死犹生。”但他没有放弃，他昼夜不息地在药房忙碌，他要在一月之内将药炼成！终于，药成只差三天。但就在这天，母亲永远地离开了。她笑着对扁鹊说：“你是我的骄傲。”
他研习上古医典，被称为当世神医；他救人无数，却依然没能拯救自己的母亲。
料理完母亲的后事，他决定行遍九州诸国，他要这世间，再没有他无能为力的病人！
游医多年，最大的挑战是在楚国。他在楚国结识了好友墨翟，多年后，墨翟带他前往鬼斧神工公输班的府邸。公输班的妻子患了一种罕见的病，在他赶到之前，她便已经去世了。他细心诊断了她的病征，却发现即使她还活着，自己也没有办法医好她。
他向公输班求得其妻血一盅，花了三年时间，却毫无此病的一点眉目。直到两年后，家中来了一位商人——吕不韦。吕不韦说：“久仰神医大名，我在外行商多年，得此奇书，特来赠予先生。”说罢，他自怀中取出一本医经，扁鹊接过来看，正是与《灵枢》齐名的《素问》。扁鹊看着吕不韦，问道：“如此贵重之物，为何要平白无故地赠予我？”吕不韦郑重地说：“多年前，令堂患肺痨去世，后来我才知晓，你本有治病良药，只是给了另一位身患肺痨的病人，那个病人，正是我的父亲。”吕不韦说完，立马跪下，接着说：“再造之恩，我无以为报，还请收下《素问》。”扁鹊愣了许久，终于将吕不韦扶起。
扁鹊在《素问》中发现了新的世界，里面记载着上古时期流传下来的禁方，夺天地之造化，窥阴阳之本源，更有逆天而行的起死回生之术。每当他研读其中的文字，似乎都能听到上古的亡灵在对他轻语。扁鹊能感觉到那些声音正逐渐将他侵蚀，他终于决定不到万不得已，绝不轻易翻开《素问》。《素问》一书，本是蚩尤麾下神医所写，后来神医弃暗投明，归降三皇，在涿鹿一役，复活所有阵亡之将士，灭蚩尤于冀州之野。
两年后，公输班的女儿公输芷患了与其母同样的病。这是扁鹊第二次面对这样的病人，他翻遍《灵枢》，尝试了所有能想到的方法，却依然无法挽救她凋落的生命。她不得不像自己的母亲一样，离开这个世界吗？他曾经发下宏愿，要这世间再没有自己无能为力的病人，他要再次感受那种痛彻心扉的无奈了吗？不，他还有《素问》。
扁鹊决定以起死回生之术，复活公输芷。他依古方炼药，药材在炉中逐渐化作本源的阴阳之气，随后按照公输芷身体的阴阳之数，将药凝结成液体，让公输芷服下。万幸的是，公输芷服药两日后，终于醒了过来。
扁鹊再一次听到了亡灵的低语，那些声音正逐渐清晰。他想抗拒那些声音，却再无法抗拒《素问》，他挣扎着，直到那些声音将他全部侵蚀。