李自成余部在湖南抗清失败后，转移到川、鄂山区进行活动，在夔州府以东地区继续抗清，称为夔东十三家军，清军开始攻打到首领李来亨被杀而亡。
郑成功在南京之战失败后退回金门与厦门，率军攻占荷兰占据的台湾，定都东宁。他的儿子郑经曾经参与三藩之乱，率军参与反攻失利。康熙帝命施琅进攻明郑，施琅大败刘国轩攻克澎湖，给台湾造成战略的威胁，最终郑克塽剃发投降清朝，明朝宁靖王朱术桂携领五妃自杀殉国，最后一股抗清势力覆灭。
郑成功率领十万北伐军向南京进军，一路士气高昂的北伐大军攻克宁波、突袭江阴、攻陷瓜州、克复镇江，兵锋直抵南京城的郊外。郑成功亲自来到明孝陵拜祭朱元璋，并写下了豪气冲天的诗句：“缟素临江誓灭胡，雄师十万气吞吴，试教天堑投鞭渡，不信中原不信朱。”
不久，已经无力抵抗的清政府江南提督管效忠写信给郑成功，表示愿意投降，但必须等三十天。因为清政府有规定，凡是守城将领，坚持三十天以上的，即便失守，妻子可以不治罪。郑成功料定清军必败，居然没有怀疑，真的按兵不动。
管效忠写信的目的其实是缓兵之计，他在等待援军，果然郑军还没有来得及动手攻城，清军苏松水师的大队人马就已经杀到，并炮轰北伐军的前锋，在城内的清军经过战备后也拚死冲出城外，两下夹击，令防备不及的郑成功手忙脚乱，惊慌失措，前锋崩溃，全军败退。
郑成功肠子都后悔到青了，他向手下将领检讨，说这都是我轻敌之过。郑成功失败之后，清军乘势进剿，并且颁布禁海令，将福建沿海民居全部烧毁，片石不留。大火燃烧了两个月，被迫搬家流离失所的难民死亡过半，惨不忍睹。
清政府的迁界禁海对郑成功而言简直是釜底抽薪，他为了支撑下去，必须开辟新的抗清基地。郑成功没有别的选择，只有竭尽全力收复台湾。
郑成功命令世子郑经留守金门、厦门等诸岛，自己率领二万五千多人，分乘几百艘战船，浩浩荡荡从金门出发，越过台湾海峡，到澎湖休整后准备直取台湾。侵占台湾的荷兰人一看，大事不妙，他们自恃武器先进，将军队集中于台湾和赤嵌两座城堡，并且用沉船封堵港口，企图阻拦郑成功的船队登陆。
另一方面，他们又希望能够通过和谈让郑成功退兵，郑成功严正告诫荷兰人：“我没有别的要求，这是我家的土地，还我。”
他还给荷兰人的头目揆一下达了最后通牒：“台湾，中国的土地，久为贵国所踞，今天我既来索讨，则土地当归我。”
谈不拢就只有打，荷兰人有一个荒谬的看法，叫做荷军一人可抵中国人二十五人，他们认为郑成功的军队同样不堪一击。郑成功的军队从鹿耳门驶向台湾港，二百多艘战船迅速入港，分布于广阔的海湾中，岛上居民纷纷涌出来利用各种工具帮助郑军登陆，仅仅两个小时，两万人马悉数上岸。
第二天，荷军二百四十人一分为二向郑军发起攻击，结果被打得抱头鼠窜，仅有八十人逃回，主帅被当场击毙。
与此同时，在热兰遮海面上也爆发了激战，双方战舰互相炮击。荷军最大的战舰赫克托号被炸成粉碎，船上一百多人被全部打死，另一艘大舰格拉弗兰号遭受郑军火攻燃烧起火，逃亡日本。随后郑成功下令包围荷兰人所在的热兰遮城，以长期围困迫使荷兰人投降，揆一代表荷兰军队签署了投降书，离开了台湾。
击败荷兰的郑成功军队威震东南亚，郑成功致信给菲律宾总督，霸气十足。郑成功收复台湾后，盘踞在菲律宾的西班牙人傻眼了，牛逼的荷兰军队都不是郑成功的对手，遑论是西班牙人在菲律宾的这点实力，总共六百人的西班牙驻军，二百人被派去守城墙，能够调动的不到四百人。郑成功此时战舰如云，艨艟千里，大军数十万，挟战胜之威，一旦大举南下，菲律宾简直是唾手可得。
郑成功派遣的传教士李科罗特作为特使来到了菲律宾的马里拉，向西班牙驻菲律宾总督递交了郑成功的信，在信中，郑成功描述了自己击败荷兰人的经过，他说：“可恶的荷兰人不知天高地厚，竟敢虐我百姓，劫夺商船，形同盗贼。他们执迷不悟，让我震怒，于是我辛丑四月率师亲讨，兵抵台湾捕杀荷兰人不计其数，荷兰人奔逃无路脱衣乞求投降，顷刻之间，城池库藏尽归我所有。”
他警告西班牙人：“你们跟荷兰人没有分别，我今日平定台湾，拥有精兵数十万人，战舰数千艘，原本想要率师亲讨。况且从台湾到你国，水路快捷，早上出发晚上就可以到达；如果你们知道利害，每年来俯首纳贡，那我们还可以做做生意，如果你们一味玩狡猾，那我的战舰立马就可以到位，希望你们尽快决断，不要过期后悔。”可以说是霸气十足。
关键时刻，郑经丑事的消息传来，令郑成功大受刺激，噩耗连连，终于猝死。郑经是郑成功的长子，郑成功收复台湾的时候，郑经只有十九岁，他和南明兵部尚书唐显悦的女儿成婚，但是婚后感情不好，郑经的四弟有一个姓陈的奶妈，也不知道怎么两个人就在一起了，郑经很喜欢陈氏，不久陈氏就怀孕，并生下一子。
郑成功在外征战，治家虽严，也力所不能及。郑经把自己得了儿子的消息告诉郑成功，还谎称是夫人唐氏所生，郑成功接信后非常喜悦，不仅对郑经和唐氏大加褒奖，还亲自为孩子取了名字。就在这个时候，郑成功收到了唐显悦的来信。
原来唐氏得知郑经的丑事后将全部经过告诉了自己的父亲，唐显悦听说后大怒，马上致信郑成功，信中将事情原委说的非常清楚，并斥责郑成功教子无方，称他治家不严，安能治国。郑成功那一刻完全是震惊了，等他了解真相后，羞愤难当，马上下令，要留守金门的哥哥郑泰替他清理门户，先杀郑经的母亲，再杀郑经和陈氏，最后杀死陈氏生下的孩子。
郑泰接到命令，没有执行，他跟其他人说：“难道我们能杀死主母和小主人吗？”随后发动政变，控制了金门和厦门，公然抗拒郑成功的命令。
与此同时，噩耗不断传来，先是听说投降满清的父亲及全家被清政府下令处死，消息传来，郑成功捶胸顿足，望北恸哭。接着叛将黄梧挖了郑氏祖坟，郑成功得知凶信，咬牙发誓，一定要将黄梧碎尸万段，报仇雪恨；最致命的消息是避居缅甸的永历皇帝被缅王交给了吴三桂，吴三桂已经将永历皇帝杀害，郑成功听罢唯有痛哭。
郑成功得知众将联合抗命，不杀郑经，心痛如塞，天天登高眺望澎湖方向看有没有船来，最后不幸感染风寒，郑成功临死时以双手抓面，大声痛呼：“我有何面目见先帝于地下。”
可怜英雄早逝，郑成功死时年仅三十八岁。郑成功不死的话，以当时郑氏手中掌握的强大海上武装，中国近代海防的面貌必定大大改观，整个东亚的历史也会改写，可惜历史不能假设，留下的是无尽的遗憾。
一代英雄，抗清统帅，律己而严，有收复台湾的功勋，反清复明壮志未遂，但仍为豪杰，可惜。徒令野蛮落后的满清朝廷蹂躏中华大地作威作福近三百年，可叹。
郑成功死后，世子郑经在厦门，台湾这边的将领则支持郑成功的五弟郑袭继承郑成功的王位，郑经为了继承郑成功的位子，率师先到金门，先杀了叔叔郑泰，引起郑泰的弟弟郑鸣骏及诸将先后投降了清朝。
郑经随即以陈永华为咨议，参军冯锡范为侍卫，大军回师台湾，最后郑袭的军队溃败，郑经取得领导地位，在台湾建立郑氏王朝，外国商人都称他为台湾王。
郑经因为参加三藩之乱失败，失去厦门等原本的根据地，而意志消沉每日醉酒沉迷美女，把朝政交给陈永华和冯锡范，两派人马开始内斗，长子郑克臧和陈永华一派，冯锡范和刘国轩以及郑经次子郑克塽一派，导致郑氏王朝内部分崩离析。
陈永华为冯锡范所骗，也起奏要退引江湖，没想到郑经居然批准，陈永华只好郁郁而终，朝政因此落入冯范锡的手中。
郑经死后，原本应该继位的是长子郑克臧，他为人英明果断，颇有祖父郑成功的气势，对于叔叔们的贪污霸道，经常加以阻止，引起叔叔们的不满。郑经猝死，冯锡范联合郑经的兄弟出来反对，硬是说陈永华女婿郑克臧非长子而是螟蛉子，应由年仅十二岁的冯锡范的女婿郑克塽即位。
并由郑聪、郑明等叔叔们向董太夫人造谣，说郑克臧的不是，董太夫人因此想要见刘国轩、冯锡范了解情况，刘国轩以有病未赴约，所以董太夫人下令召见郑克臧。
郑克臧不疑有他，在进入董太夫人府内尚未见到他的祖母时，即被冯锡范随从蔡添一刀剌入腹中，再由郑聪、郑明、郑智、郑柔四位叔叔以木棒打死，董太夫人得知爱孙被杀已经为时已晚。
最后只好改立年仅十二的郑克塽即位，郑克臧遇害三天后，他的夫人身怀六甲也自杀，董太夫人以为自己间接促成杀孙，怨叹烦闷也死了。陈永华侄儿陈绳武也遭到冯锡范的排挤，遭到革职，从此国事全由冯锡范主持。