李自成率领的大顺军攻陷北京，崇祯帝在煤山自杀殉国。驻守山海关的明将吴三桂投降清军，多尔衮指挥八旗兵，兼程入关，以吴三桂为前导，击败了大顺军，进占北京。同年顺治帝迁都北京，祭告天地祖宗，表示是全中国的君主。
接着清军南下剿灭农民军，北方的地主、官僚纷纷勾结清军，镇压农民军。与此同时，在南方的一些明朝遗臣相继拥立皇族建立政权，史称南明，此外还有李自成的大顺政权、张献忠的大西政权。
大顺军剩余的部队与南明湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤锡联明抗清，大败清军于全州，次年几乎收复湖南的全境。江西金声桓和在广州李成栋先后反正，出现了第一次抗清斗争的高点，但是永历政权不能团结对敌，给了清军以喘息的机会。
何腾蛟、瞿式耜先后牺牲。李定国率领军队八万兵东出广西，攻下桂林，又攻入湖南、广东，两蹶名王，天下震动。刘文秀也出击四川，克复川南，东南沿海的张煌言等的抗清军队也发动攻势，抗清斗争再次出现了高点。
这时孙可望同李定国之间矛盾爆发，破坏了大好形势。孙可望投降清军之后，云南贵州的虚实尽为清军所知。由于华南反清势力较大，清帝册封吴三桂、耿仲明与尚可喜为王以镇守云南、贵州、广东与福建等地，史称三藩。吴三桂率领清军攻入云南，永历帝被杀，南明灭亡。
清世祖爱新觉罗．福临，为清太宗皇太极的第九子，六岁即位，年号顺治。开始由皇叔父多尔衮代为摄政，至顺治七年多尔衮死后亲政。
福临是在多智多勇又独断专行的叔父多尔衮与深明大义的寡母孝庄文皇后教导之下成长起来的皇帝，多尔衮摄政的七年间，清廷在以武力统一全国的过程中，发兵追剿李自成、张献忠的农民起义军和南明抗清势力，推行剃发易服、圈地等高压政策。
多尔衮病逝后，顺治开始摆脱傀儡地位，对多尔衮实行了削除封号爵位、罢撤庙享谥号、籍没家财等身后惩处。为加强皇权，他废除了诸王贝勒管理各部事务的旧例，又采取了停止圈地，放宽逃人法等一系列缓和民族矛盾的措施。尽管顺治很想有番作为，也颇为中原文化所吸引，但终究因为他的周围尚未形成一支以他为主导的强有力的政治势力，致使他在与朝中反对汉化的勋旧大臣的较量中败下阵来。
政治上的失意，使顺治帝沉湎于与他的弟媳董鄂氏的爱情之中，董鄂氏改嫁给顺治帝而成为董鄂妃。随着与佛教高僧木陈忞等人的交往，他产生了遁入空门的思想。当他挚爱的皇贵妃董鄂氏死后，他的精神支柱完全崩溃，健康状况每况愈下，二十四岁时又感染上天花，很快便撒手人寰。
顺治十七年，顺治宠爱的皇贵妃董鄂氏去世，他十分的悲痛，不仅辍朝五日，而且将她晋封为皇后，谥号孝献庄和至德宣仁温惠端敬皇后。传说半年之后，顺治看破红尘，于次年正月遁入山西五台山，削发为僧。
事实上顺治的宠妃董鄂氏并非董小宛，因为当小宛艳帜高张之日，是世祖呱呱坠地之年。董小宛的丈夫冒辟疆写的《影梅庵忆语》明白地写着董小宛于顺治八年去世，当时海内无数名流以诗词相吊，这时世祖才十四岁，不可能纳董小宛为贵妃。而且董小宛是汉人，绝不是满州八旗望族的董鄂妃。
顺治帝的后妃中有多位董鄂氏，一是孝献皇后，就是历史上最为人所熟知是顺治帝的宠妃，董鄂妃。董鄂氏，生于荣亲王，早夭，顺治十三年立为贤妃，八月拟晋封董鄂氏为皇贵妃。
二是贞妃董鄂氏，一等阿达哈哈番巴度女，殉世祖，圣祖追封为皇考贞妃。三是宁悫妃董鄂氏，在世祖时号庶妃，一个儿子，福全。
顺治最早是受到天主教的影响，大学士范文程引见居住在北京的耶稣会教士、钦天监监正汤若望，这位传教士因学识高深很快获得了幼龄君主顺治的好感和敬仰，又因孝庄文太后曾经认汤若望为义父，所以顺治尊称汤若望为玛法，即爷爷的意思。
孝庄皇太后安排皇后人选，孝庄皇太后决定在她娘家为儿子选后妃，而且未与儿子商量，请摄政王多尔衮出面做媒，将自己的亲侄女、科尔沁部卓礼克图亲王吴克善之女聘为皇后。顺治八年，紫禁城内张灯结彩，举行隆重的皇帝大婚典礼。
可是顺治帝婚后仍然不愿意接受母亲包办的婚姻，另居侧宫，长期不与皇后见面。
顺治十年，顺治帝正式颁发废后的决定。八个月之后，孝庄太后又将自己娘家侄子绰尔济的女儿、自己的侄孙女选聘为顺治妃，后立为皇后，史称孝惠章皇后。不到四年，皇帝又要废后，拟由他心爱的董鄂妃取而代之。
皇太后坚决不允，董鄂妃也长跪不起，请求顺治帝千万不要废后，否则妾必不敢生。顺治帝才悻悻然作罢。顺治笃信佛教，由于太监们的鼓励和怂恿，二十岁的顺治召见佛教高僧憨璞聪，从此对佛教产生了浓厚的兴趣，而渐渐疏远了天主教。
此后南方高僧玉林琇、茆溪森、木陈忞、玄水杲先后应召至京，在宫中论经说法，大谈佛理。顺治好佛，宫中奉有木陈忞、玉琳琇二位禅师，钤章有尘隐道人、懒翁、痴道人等称号。他对木陈忞曾经这样说过：“愿老和尚勿以天子视朕，当如门下弟子旅庵相待。”
由于多尔衮摄政，顺治苦熬了多年傀儡皇帝的生活；由于与皇后不睦，顺治婚姻生活有过不够美满的一段，这使他一度消极厌世。当董鄂氏的出现，使顺治火热恋爱，激起了他生活的波澜。
正因为这样，当宠妃董鄂所生的唯一皇子夭折，顺治帝竟然请玉林琇为他起法名，起初不肯，苦苦哀求之后依从，顺治自择行痴，号痴道人。后来在他的印玺钤章中竟有尘隐道人、痴道人等法号。顺治帝虔心佛事，每以讲经释教为常事，甚至董鄂氏也在他的影响下由不信佛到笃信于佛，直到口呼佛号而终。
董鄂皇贵妃以二十二岁的青春年华病逝于承干宫，死后被追封为皇后，真可说是红颜薄命，一朵盛开的鲜花正在娇艳的时节，却突然谢却红尘，香消魄散。
痴情的顺治皇帝，对贵妃娘娘的早逝哀痛不已，竟然一会儿寻死觅活，一会儿又闹着要出家去当和尚。并下令将承干宫内大小太监、宫女等三十多人全部赐死，以备皇妃娘娘在阴曹地府役使，这么多人生殉，造成清宫罕见的一大惨事，一时间将紫禁城内闹得天昏地暗。
董鄂妃突然病死后，顺治痛不欲生，万念俱灰，终于萌发了遁入空门的念头，他命茆溪森为他削发，决心出家。幸亏玉林琇抵京，闻知此事，命人取来柴薪，想要烧死他的弟子茆溪森，加上孝庄文太后竭力劝阻，才使顺治勉强答应重新蓄发留俗。
他早有削发为僧的念头，临宣布他去世前几天，他还叫最宠信的内监吴良辅去悯忠寺削发做和尚。顺治与孝惠皇后颇为不合，宠爱的董鄂氏一死，他以死为借口皈依了净土，这是一些人认为顺治出家的原因。
顺治出家，了却自己的心愿，据说康熙帝曾经四次去五台山，前三次都是为看他父亲去的，每次到来必定撤去周围侍候的人独自造访高峰叩谒。第四次去的时候，顺治已经死了，康熙见景生情，十分的悲恸，作诗哀悼。
“又到清凉境，巉岩卷复垂。芳心愧自省，瘦骨久鸣悲。膏雨随芳节，寒霜惜大时。文殊色相在，惟愿鬼神知。”
又传说在康熙年间，两宫西狩，经过晋北，地方上无法准备供御器具，却在五台山上找到了内廷器物，于是顺治出家有了更充分的证据。
顺治皇帝是一位痴情皇帝，属于那种不爱江山爱美人，追求纯真爱情的人，比他的父亲皇太极有过之而无不及。他对爱情专一，愿为心爱者抛弃一切，甚至为她去死。
所以董鄂氏的早逝，使他看破红尘，万念俱灰。他想为爱妃而死，自然不成，况且在传统社会里，身为帝王，且上有高堂，寻死便为大不孝。既死不成，又想要遁迹空门，愿清灯古佛，伴其终生，以求精神上的解脱，然而又有皇太后挂念，想随老和尚出家去，也未能成行，皇冠仍然戴在他的头上，死也不行，皈依佛门也不行。从此顺治一蹶不振，终日郁郁寡欢。
由于顺治帝沉迷于佛事，当他最心爱的人病逝这一无情现实的打击下，便产生悲观厌世，企望遁入空门，以求精神上的解脱。他曾命令茆溪森为他削发剃度，决心出家，孝庄皇太后百般劝解，命人急召高僧玉林琇抵京，玉林琇闻知之后，一面痛责弟子茆溪森，一面命人取来柴薪，倘若茆溪森敢引顺治帝为僧，就要将他烧死。
无奈顺治帝才勉强答应蓄发留俗，顺治出家不成，后来只好命令他的亲信太监吴良辅作替身，入悯忠寺修行。
顺治再次申明想要出家的意愿，经过玉林琇的力劝，顺治才作罢。所谓相视而笑，自然是一个光头皇帝与一个光头和尚的缘故，因为顺治虽允蓄发，此时尚未长起，便觉得可笑。
此后皇帝便把自己委托于僧徒之手，他亲手把他的头发削去，如果没有他理性深厚的母后和汤若望加以阻止时，他一定会当了僧徒的。清帝顺治决意出家，并剃了头发，但是出家未遂。
顺治虽然年纪轻轻，但是身体素来羸弱，又多情善感，爱妃的早逝，对他的身心都造成极大的伤害，结果董氏病殁仅半年他就染上了当时的不治之症—天花，当时称为痘症。
顺治帝身患痘症，自知命在旦夕，后事安排已经刻不容缓。由于清初尚未建立起完善的立储制度，况且他膝下诸子尚幼，没有一个成年的皇子，嗣君为谁？使顺治帝躺在养心殿的病榻上辗转反侧，一时难于定夺。最后还是召来了自己与母亲孝庄皇太后都极信赖的传教士汤若望。
他虽为异邦之人，但是他的话在顺治母子的心目中却能起到举足轻重的作用，汤若望认为皇三子玄烨可立为皇太子。因为当时顺治帝的六子中，长子与四子已经夭折，除二子福全和三子玄烨较大外，四个婴幼儿都才刚刚牙牙学语，尚在襁褓之中。
而福全与玄烨虽均为庶出，一为宁妃所生，一为佟妃所生，但是玄烨自幼受到祖母的钟爱，想必汤若望也了解其中情况。而且更有说服力的理由是玄烨已经出过天花，而二子福全尚未出过，将来继承皇位，一旦染上此症，难免还会发生眼下类似的悲剧，这是当时的一大忌。因而顺治采纳了他的意见，也得到诸王大臣的赞许。
顺治帝在位不足十八年，卒谥体天隆运定统建极英睿钦文显武大德弘功圣仁纯孝章皇帝，庙号世祖，骨灰葬直隶遵化清东陵孝陵。有人说，顺治并没有死，而是出家了，这不符合事实，顺治还是死了。顺治帝病患天花，清廷还曾经禁止民间炒豆。
顺治帝突然病倒，病情严重，第二天，召王熙到养心殿，说：“朕患痘症，已经不行了，你详听朕言，速撰诏书。”
王熙退到干清门下西围屏内，根据顺治的意思撰写《遗诏》，写完一条，立即呈送。一天一夜，三次进览，三蒙钦定。当夜顺治就去世了，顺治帝死后被火化，由溪森和尚主持，顺治帝确是死了，而不是出家了。
顺治帝死后火化入葬，是清入主中原后的第一位，也是最后一位皇帝，自康熙皇帝始，便循汉制改为土葬了。顺治的骨灰罐送往遵化孝陵安葬，小皇帝玄烨要前往为父亲送葬，但因为路途较远，经太皇太后及诸王大臣劝慰乃作罢。从此顺治了却了一段尘缘，终于与所爱的人长相厮守了。
顺治帝死后，按照皇太后的懿旨，顺治帝的遗嘱，由八岁的玄烨继承皇位，玄烨就是康熙大帝。